治疗消化性溃疡的药物主要有PPI类药物、H2受体阻滞剂、胃黏膜保护药等，如果患者有消化功能不良的症状，还可以选择促胃肠动力药，以及助消化药等治疗。
消化性溃疡多由幽门螺杆菌感染引起，十二指肠溃疡的幽门螺杆菌感染率达到90%至100%，胃溃疡患者的幽门螺杆菌感染率可达到80%至90%，患者可以做碳13或碳14呼气试验检查，明确有无幽门螺杆菌感染。如果结果阳性，可以选择四联方案根除幽门螺杆菌治疗，就是一种PPI＋2种抗菌素加一种铋剂，疗程是7天～14天。
PPI类药物主要包括奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑、艾司奥美拉唑等。抗菌素主要有羟氨苄青霉素、克拉霉素、喹诺酮类抗菌素、甲硝唑、替硝唑、奥硝唑、痢特灵、四环素等。铋剂主要有三钾二枸橼酸铋、果胶铋、次碳酸铋等，具体药物和疗程的选择要当地耐药情况而定。
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